Наконец удалось победить определение .spc файлов как сертификатов вместо того, что мне было нужно (snes music file). GUI не даёт способа выставить приоритеты и вообще magic info задавать. Пришлось править в ~/.local/share/mime/packages руками и добавить:

<magic priority=”100″>
    <match type=”string” offset=”0″ value=”SNES-SPC”/>
</magic>